SIMロックがかけられた？

そのようになる事例はあります。
しかし、そのようになる理由は、交換で受け取ったiPhoneの初期設定の問題であり、mineoは全く無関係です。
基本的には、Appleもしくはサポート店が、交換で渡す際、間違った端末を渡したことが理由となるので、そこで対応してもらう必要があるはずです。

故障したiPhoneが日本のAppleで購入したものであったということを証明する何らかのものがあれば、それを見せることで交渉が進展するように考えられます。