なぜキャリアは、MVNOの契約をするのか？

政権が変わっても政策が大きく変わることは少ないと思います。基本的には長期計画が立案・策定されていて、それに沿った形で各年度の施策が実施されていると思います。行政レビューで費用対効果の検証などは定期的に行われていますが、許認可権の場合は対象となっていないのかもしれません（詳しくなくてすみません）。政策変更に当たっては諮問機関からの答申を受けて変更されることが多いと思います。
通信事業者がねぜ従うかは、少し前に放送法の関係で総務大臣発言（放送停止）で騒がれたことと、根本的には同じことだと思います。