MVNOの電話料金について

〉マイネオ他MVNOのアプリ電話が有料なのは何故なんでしょうか？MVNO契約の元をとる為なのでしょうか？

090、080などの電話番号を利用する(掛ける、受ける)をした場合、必ずau、docomo、SBなどの電話回線を使用することになり料金が発生します。この場合、ネットを経由していても無料になりません。

〉ワイモバイルやUQモバイルは通常、電話回線使ってるので有料はわかるんですが、ネット電話ならMVNOは無料でもいいのでは？と思うのは私だけ。

そもそも、マイネオ他MVNOの一般的なアプリ電話はネット電話ではありません。「プレフィックス方式（中継電話）」という形態で電話回線を提供して通話料金を安くしています。詳細は下記のリンクを参照してください。
https://sp-sim.com/voice-service-ip-phone-prefix/

私に分かるのはこれぐらいです。