やはり店頭に行かなきゃダメ？

データSIMの契約でしょうから、MNPではありませんよね？
その場合、マイネオに契約し、回線が開通したとしてもauの契約は解除されません。
あくまでもauとの契約ですので、auから「店頭でしか解約ができない」と言われたのなら店頭に行くしかないと思いますよ。
電話などで解約ができれば良いのですが、一度auに問い合わせてみたらいかがですか？