今使ってるラインやメール大丈夫？

ラインやメールは何の問題も無く使えているので、大丈夫ですよ^^

ただ、ご存知かもしれませんが、mineoでのメールはパソコンメールアプリを使って行うのでキャリアメール(@ezweb,@softbank,@docomo等)は使えません。
もしもキャリアから乗り換える場合、事前にアドレスがパソコンメールに変わる事を伝えておかないと、相手の受信設定によってはブロックされてしまう事があります。

初期設定に関しては、サイト上に設定手順も書いてありますし、確か契約した時に説明書のような冊子をくれたと思うので、その通りに行えば大丈夫だと思います^^

1000円程払えば、各地のサポート店で初期設定を行ってくれるみたいですね。
http://mineo.jp/sph/support/shop/

また、mineoアンテナショップであれば、直接詳しく教えてくれると思いますので、もしネット上で分からない事が有れば一度足を運んでみるのも良いかもしれません。