回線を追加で申し込む場合eoIDを一緒にするか分けるかによるメリットデメリット教えてください

別名義での契約の最大のメリットは、紹介アンバサダー制度の紹介者、被紹介者の両方のギフトを入手できることです。
ブロンズランクなら、1500円だったかな？
この分が金額的なメリットです。
貰えない可能性もありますが、私の経験上かなりの高確率だと思います。

デメリットは、どちらか一方の回線でコントロールしようとすると、切り替えするのに時間がかかることです。
奥様ご自身でコントロールできるなら、別契約によるデメリットより、レーダー、さんぽ、アプリログインスタンプなどでのプレゼントを含めてメリットが大きいと思います。