eSIMプロファイル設定用QRコードが読み込めません

電話がつながったということは、SIMは正常に動作していたということです。
モバイル通信ができなかったのは、APNプロファイルがインストールされていないからです。eSIMの場合もAPNプロファイルのインストールが絶対必要です。

「プロファイル削除やモバイル通信に登録したものを全て消して」
ということは、せっかくQRコードを使ってインストールしたeSIMも削除してしまったということですね。

そういうことであれば、改めてeSIMの再発行を申請するしかありません。

eSIMを再発行した場合においても「回線切替」が必要となりますので、「回線切替」が終了してから再度eSIMをインストールし、その上でAPNプロファイルもインストールしてください。

その場合、楽天のSIMはオフにするか、「モバイルデータ通信」で必ずmineoを選択した状態で行ってください。「モバイルデータ通信」で楽天を選んだ状態でmineoのAPNプロファイルをインストールすると、やはりモバイルデータ通信ができなくなってしまいます。