楽天eSIM→MNP先で物理SIMは

おっしゃるとおり、MNP自体は物理SIMもesimも違いはありませんので、新しいほうを開通すれば楽天は自動解約になり使えなくなります。

残った端末楽天ミニはそのままでも支障はありませんが、もし売却等するのでしたら、他の方のおっしゃる通り、質問者様のesimデータを消した方がよろしいかと思われます。