MNP

>>新しい端末も購入したのですが、SIMカードと端末が届いてから乗り換えのために使うMNP予約番号とmineo申し込み時のMNP予約番号は同じでなくてはいけませんか…？

もちろん同じ番号でないといけませんし
異なった番号だと不正申込として拒否されます。

>>万が一端末が届くまでに有効期限が切れてしまったら再発行されたMNP予約番号を使って乗り換えをすることは可能なのでしょうか？

mineoはMNP予約番号の有効期限内に
新しいSIMを発行送付します。
もちろん端末同時購入で有れば
新しいSIMと一緒にお届けです。

端末を他社購入されている場合
mineoの責任範囲はSIMのみですので
ユーザが端末を準備出来なくても
粛々とSIMを発行し
MNP予約番号有効期限の前日14時に
強制切り替えを行います。

よってmineoに契約拒否されなければ
MNP予約番号再取得は考えなくて大丈夫です。