切り替えタイミング

今月はキャンペーンの最終月ということもあり、月末はかなり混んでいて時間がかかっているのだと思います。

①mineoをキャンセルして、11月末に再申請する
→そもそもからキャンセルできるのか？

どの時点まで手続きが進んでいるかによると思いますので、マイネオに電話して聞いてみるのが一番早いでしょう。ただ、11月始めに解約されても末に解約されてもauへの支払いは変わるわけではなく、変わるのはマイネオへの支払いのみです。
どのプランかにもよりますが、キャンセルを仮にして、再度申し込んだ場合、キャンペーン（800円x6か月割引）の適用がなくなるわけですから、得策だとは思えません。
そのまま早くSIMが到着するのを祈るのが良いでしょう。

②auのプランを1番安いものに切り替えて二重払いの金額を少なくする
→auサポートアプリで料金プラン変更に入りましたが、MNPの予約番号を発行してもらっているためか、「お手続中のお申し込みがあるため、現在ホームページではお手続を承ることができません。KDDIお客さまセンターまでお問い合わせください」となってしまいできませんでした。

MNP予約番号発行中はauの場合、プラン変更が一切できません。
どうしてもの場合、まずはMNPの手続きを止められるかどうか、キャンセルするかどうかということになります。
①でも回答したように、そのまま手続きを進めるのが一番良いと思いますよ。