調べ下手に教えて下さい。

私も今月からmineoライフです！

> auのメールアドレスが使用出来なくなる以外にどんな差が
au回線を使用するAプランの場合、iPhoneでは残念ながらテザリングが出来ません。
これは、au回線を使用するMVNO全てに言えることで、仕様のようなもので、どうしてもテザリングをするにはauを使い続けるか、docomo回線のDプランで運用するしかありません。
しかし、docomo回線で使うためには、対応した端末が必要です。
iPhone 5（と書いていますが、iPhone 5cですかね？）の場合、SIMロック解除も出来ないため、au回線のAプランで運用するしかありません。

> 現在利用中のアプリなどはiCloudに基づいているということで何ら変わらず利用できるのでしょうか。
これはその通りです。回線と端末内のアプリケーションは切り分けて考えましょう。
引っ越しして家が変わっても、持っていった荷物がそのまま使えるのと一緒です。

> mineoの通信容量を超えた場合にも、4Gと表示されている時の通信速度でなら使えるのでしょうか
通信容量を超えた場合は読んで字のごとく、最高速度は出ません。200kbpsに制限されます。
これまで使用してきたデータ容量を元に、まずは余裕のあるデータ通信容量で契約してみてはいかがでしょうか。
mineoは、余った容量は翌月まで繰り越せます。

200kbpsでもメールやニュースを見るなら十分です。
普段テキスト中心に使う場合は、あえて200kbpsに制限かけることが出来、その場合は、データ通信容量は減りません。

どうしても容量が足りなくなったら、有料でチャージするか、月末にはみんなの善意で容量を貰うことも出来ます。
逆に余ったら、みんなを助けましょう！（フリータンクでこれができます）