マイネオ乗り換え検討中です。

SIMロック解除や乗り換えのタイミング等については他の方からの回答と重複するので割愛します。

＞auでiPhone8に機種変更してからマイネオに乗り換えるべきなのか、Apple StoreにてSIMフリーのiPhone8を購入してからマイネオに乗り換えるべきなのか。

そもそものこのご質問に対して。

auのクーポンやポイント等で端末をお得に購入出来るのならばauで機種変更してからの乗り換えはアリだと思います。
ただ、それ以外にはauで機種変更するメリットはあまりありません。

従って、クーポンやポイント利用でお得に買えるならauで機種変更。
クーポンやポイントがないならApple StoreでSIMフリーを購入。

という感じが一般的だと思います。

あと、SIMフリー版の場合はiphone SEもiphone8も利用SIMは同じなので・・・

Apple Storeで購入するのであれば「とりあえずmineoに引っ越してiphone SEを利用。iphone8は後々Apple Storeで購入してSIMを差し換え」

というのもアリだと思います。