aプラン？dプラン？

まず高校生様がクレジットカードを持っていても
年齢制限で引っかかり契約できません。
必ず親権者名義での契約をお願い致します。

新番号でmineoをはじめられた場合、ライン機能に制限が発生します。
宜しければMNPでの加入をお勧めします。
(現在の名義人名とmineo契約者が異なる場合、契約不備として取り扱われます。
MNP予約番号取得の前日までに名義人名の変更をお願いします。)

楽天販売の端末はDプランでの使用を前提に設計されていますので
素直にDプランを契約下さい。

eoIDはメルアドに紐付いています。
新たにメルアドを用意されれば問題ありません。

とりあえず雑誌と紹介者を探しましょう。

1. 電話番号が変わってもよいかどうかは、最終的にはお子さまの環境やご判断次第だと思いますが、一般論として、高校生なら番号が変わってもそう大きな問題はないのかなと思います。
不便があるとすれば、周囲に番号が変わったことを連絡する手間があることですが、ご本人がそれを良しとされているのならば、特に問題はないと思います。
また、LINEについては、電話番号変更の手続きをすることによって、アカウントを引き継ぐことができます。

2. SH-M04は、Aプラン・Dプランのいずれにも対応しているので、お好みで選ばれるといいと思います。
デュアルタイプならAプランのほうが安く、一般的にはDプランのほうがエリアが広いといわれます。
速度については大差はないと思いますが、たとえ差があったとしても、一時的なものである可能性が高く、数日後には逆転することも考えられます。

3. メールアドレスが別であれば、3つ目のeoIDを取得することも可能だと思います。

プランに関してなら　文句なく　d プランですね　

私の妻も近々auから乗り替え予定で、新端末も用意していますが、妻に聞いたら「家族や知人との連絡はLINE なので電話番号が変わっても困らない」とのことだったので、MNPではなく新規契約で考えています。
この方が2台の端末を重複して使える期間があるのと、手数料が安く済むためです。デメリットは、auの解約にショップに行かないといけないことです。
因みに、新端末はAプラン、Dプランのどちらも対応していますが、後々の端末交換も考えて、Dプランにする予定です。