実行速度の測定方法について

かなり長い記事ですが、こちらが参考になると思います。

格安SIM MVNOの通信速度を徹底比較【9月12日最新実測】
http://androidlover.net/mvno-speed-test

実効（←こちらの意味ですよね）速度を測るといっても何をもって実効とするかは人によって違いますが、一般的には実際にスマホを使う快適さを表している速度になるとおもいます。

なので、実際の使い方、たとえば
・Webを閲覧する
・アプリをダウンロードする
・動画を視聴する
などの操作をしてみて速度を測ることになります。
Webの閲覧であれば、Yahooのトップページやテスト用の一定サイズのページの表示が終わるまでの時間とかを測る方法があります。ページサイズがわかれば、ページサイズ／表示時間で、実行速度になります。
アプリのダウンロードであれば、実際にダウンロードしたアプリやファイルのサイズをダウンロード完了までの時間で割れば実行速度になります。
動画を視聴であれば、止まることなくみられる画質の最大のビットレートになります。youtubeであれば、720Pなら、1,500～4,000 Kbpsなどとビットレートの範囲が決まっています。
https://support.google.com/youtube/answer/2853702?hl=ja

本来の実効速度は、サーバーや端末の性能も含んだ利用環境全体の速度となるのですが、MVNOの実効速度ということであれば、十分に早いと思われるサーバーと端末で、実効速度を測ってみることになります。

スピードテストのアプリを使う場合でも、Speedtest.netなど、測定サーバが選べるもので、なるべく早い速度が出るサーバーを選択して測ってみるほうが良いと思います。

また、上記で紹介したサイトでは、スピードテストアプリに加えて、Youtube(画質は240p）を見た体感速度を加えて比較しています。