eoIDに私と同一のmineoメールアドレスが利用されています

おそらく手順を勘違いをされているのかと思いますが、そもそもの話としてeoIDの2段階認証に使える連絡用メールアドレスは同一のアドレスを複数のeoIDに登録する事ができるので、仮に既に2段階認証に使われているアドレスでも登録時にそのような表示は出ません。
その表示がでるのはeoIDそのものを変更する際に既に使用されているメールアドレスを利用しようとした場合です。(画像)
連絡用メールアドレスではなくeoIDを変更しようとしていませんか？

一度こちら↓からログインして連絡用メールアドレスの変更を試みて下さい。
https://mypage.eonet.jp/ContactMail/initChange