マイネオでiphone13購入

製造が古かったりiosもずいぶん前だったり、開梱済だったりするのでしょうか？
→少しは古いかもしれませんが、大きな差ではないでしょうか。気にするレベルではないと思います。
iOSは、最初にバージョンアップすれば良いだけです。
開梱はされていると考えたほうが良いです。

移行についてですが、シムの入れ替えはデータ移行の後でもかまいませんか？
→データ移行のあとで構いませんし、どちらかというと移行のあとの方が良いくらいです。

新端末を、一旦データ移行せずに新規端末として立ち上げ、iOSを最新にアップデート
その後初期化して再度立ち上げ、クイックスタートでデータ移行
SIMを差し替えて、プロファイルインストール
が良いですね。