esim再発行キャンセルになった理由

eSIM再発行がダメで物理SIMなら再発行OKとは理由が良く分かりませんね。「ワイモバイルにMNP」は無関係だと思います。
どこの通信会社の話でしょうか。

「esimでないと使えない」のはデュアルSIMでご利用だからですか？
データSIMなら電話番号が変わっても良ければ解約して、新たにmineoで契約すれば440円の負担で済みます(紹介制度またはエントリーコード利用)。ただし、iPhoneのデュアルSIMのときはAPN構成プロファイルが必要なSIM2枚では使えません。