支払い方法を分けることは可能でしょうか？

同じeoIDの場合は、原則同じクレジットカードでの支払いになります。名義変更により新規のeoIDを作れば、新しい名義人のクレジットカードにできます。
http://support.mineo.jp/setup/guide/namechange.html

同じeoIDのままで支払いを分けたい場合は、mineoマイページで
登録情報の変更/サポート＞お支払い方法変更　に行くと、下記のように書かれていますので、サポートに相談すると可能なようです。
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複数のmineoをご契約いただいている場合のお取り扱いについて
複数のmineoをご契約いただいている場合、 全てのmineoの支払い方法が一括で変更されます。
ひとつのmineoでも支払い方法の変更を希望されない場合は、mineoサポートダイヤルまでお電話をおかけください。
■mineoサポートダイヤル [受付時間 9:00～21:00(年中無休)]
・固定電話、携帯電話、PHSから 0120-977-384(通話料無料)
・LaLaCall、他社IP電話から 050-7102-8890(他社IP電話は通話料有料)