アイコンバッジの数字がつかないです。

mineo電話は着信には関与しないので、通知はないと思います。
私の端末でも通知設定がありません。

LINEのグループトークや個別の相手で通知をオフにしたら、反映されなくなりますよ。
数字に反映させたいなら、通知はオンにしなければだめです。
個別の着信音を無音のようなファイル指定するくらいでしょうか？