スマホの初期化について

＞Googleの権限一覧画面によると、インストールしたアプリは、スマートフォンの下記の機能や情報にアクセスする権限を持っています。
これらの権限により例えば「スマーフォンを不正に操作される」「スマートフォン内の情報が外部に送信される」といった可能性が考えられます。

参照された独立行政法人情報処理推進機構のサイトにはこう記載されていますよね。
不正なアプリがSDカードに侵入しているとすれば当然のことながらSDカードも初期化すべきだと思います。本体を初期化してもSDカードに不正なアプリが侵入していれば同じ事だと思いますよ。