電話番号を登録せずにいたLINE、番号を登録したいのですがスタンプやリストは消えてしまうのでしょうか

そのメッセージは気にすることはありません。
その番号を以前に使っていて、もしそのまま番号を更新していないアカウントがあれば、その端末のデータが消えるという意味です。

今使っている端末に電話番号を追加認証するだけであれば、その端末からデータが消えることはないので安心してください。

あとから電話番号を追加する場合は「設定」から「アカウント」を選択し、「電話番号」
をタップします。

・LINEで電話番号を認証・登録する
https://www.ipodwave.com/app/line_register_phone_number.htm

それでうまくいかない様でしたらLINEの問い合わせフォームを利用して
相談された方が良いかもしれません。

・LINE問い合わせフォーム
https://contact.line.me/ja/

>>「以前の端末で使用したスタンプ、友だちリストなどのLINEの情報がすべて削除されます」と出てきます。
…という文言から判断いたしますと、まだiPod touch→iPhoneにLINEの引き継ぎがされていないと思われます。

…ですので、今一度iPod touchにLINEをインストールし直し、登録メールアドレス・パスワードでログインし、アカウント引き継ぎの段取りを行ってください。Facebook連携をされている場合は、これでもLINEへログインできます。

PCにiTunesがあれば、iPod touchのバックアップを暗号化→iPhoneへ「このバックアップから復元」で、まるっと移行できます。
PCがない場合はiCloud Driveを使いますが、iPod touch・iPhoneともに最新のiOSにしたうえで最新のLINEアプリで移行となってまいります。これでないと、完全移行ができない可能性が高まります。

詳細は、下記URL
◇iPhone機種変更時の「LINE引き継ぎ」を解説　バックアップや復元、コインの扱い方法◇
https://time-space.kddi.com/mobile/20181203/2510
をご参照くださいませ。

追加認証しましたら、情報も消えることなくそのまま生きていました！
良かったです…！
ヨッシーセブンさま大変ありがとうございました。
このままLINEpayに登録できそうです。
助かりました＾＾

Kanon好き さま、wzjm さまも大変丁寧にご返信いただき、ありがとうございました！＾＾
無事に解決いたしました。