Windows iTunesインストール

先日は姪のiPhoneの件で掲示板にてお世話になりました。改めてお礼申し上げます。
今回はそのiPhoneに音楽の転送を行うにあたっての質問があります。

私iPod touch（第4世代）を所有しておりまして、音楽の転送にはiTunesを使っております（カーナビにつないで現役です）姪のiPhoneにも手持ちの曲を何曲か転送してあげようと思って家のPCにiPhoneをつなぎ、姪のものとはいえ私のPCにバックアップを取るわけにもいきませんので、「音楽をを手動で管理」にチェックを入れ、必要なものだけを左のiPhoneのところにドロップして転送しています。

後日また曲の転送をしようと思ったときにデスクトップ（先程使ったPC）ではなく、手元のノートPCから転送しようとしました。ノートにiTunesがインストールされていると思っていたのですが、勘違いでされてなく、今はストアアプリ版という形になっていて少し戸惑いました。

インスールを完了して起動。ここからが問題で、入れたい曲のみをUSBからノートに転送。それをiTunesに登録。アルバム1枚だけがiTunesに登録されている状態。そのときにiPhoneはつないでおりました。ここで登録したものを一度ライブラリから削除したんです。そのときに「これ端末からも消えるで？ええんか？」みたいな警告が出たんですけど、一度削除したいんやからしゃーないわと思って、削除。再びライブラリに曲を登録して転送すると、今回転送した曲のみで、以前転送した曲は全て消えていました（その場で確認したわけではなく、数日後彼女から報告がありました）

要するにライブラリから削除すると、次回接続時にiPhoneから削除されるのは仕様ですか？（すいません長々と。結局はここだけなんです^^;）
別に言い方をすると、ある曲だけを転送するのに普段使っていないPCから、その曲だけをライブラリに登録したiTunesから転送すると、今までの曲は消えてしまいますか？

しかしこのストアアプリ版ってどうなんでしょうか。exeファイルのほうがいいんやけどな～