モバイルPASMOはOSアップデート中に使えますか？

iOSアップデート中に改札を通過することは無いと思うので推測で回答してみます。「iOSが動作していない時でもエクスプレスカードを処理できる場合がある」とApple公式に記載がありました。アップデート中でも動作するかもしれません。

https://support.apple.com/ja-jp/guide/security/sec90cd29d1f/web
［予備電力機能付きエクスプレスカード］
iPhoneのバッテリー残量がわずかになってiOSが動作していない状態でも、残りの電力でエクスプレスカードを処理できる場合があります。この機能をサポートするiPhoneモデルでは、次のカードでこの機能が自動的に有効になります。

ちなみに予備電力機能付きエクスプレスカードが利用できるのはiPhone XS以降です。