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新規メモ開始スタイルをタップしたら
タイトル
見出し
小見出し
本文
がでると思いますが、そこで本文を選んで下さい。
これでフォントの大きさが揃いませんか？

おそらくですが、 烏龍茶茶さんの今の設定では自動的に最初の行がタイトルになるため、改行すると次の行から本文になっているのではないでしょうか。
最初から本文に設定をしておけば改行しても同じフォントサイズになると思います。よければお試し下さい。