mineoとは関係無い質問です。

利用する店舗次第です。

イオン直営店舗の場合は、iAEONアプリ内でお気に入り登録してもクーポンは取得できません(イオンお買い物アプリへのリンクがあるだけ)。
直営店以外の場合はiAEON内だけでクーポンの取得・利用が完結します。

モバイルWAONを使う場合は、iAEONアプリではオートチャージやお客様情報の変更が出来ず、WAONアプリでしか出来ないという制限があるようです(イオンウォレットアプリ内で出来るかは確認してません)。

まぁいずれはiAEONだけで完結するようになるとは思いますが…