eSIMの設定は、新機種へのデータ移行が完了した後でも大丈夫でしょうか？

問題無いどころか推奨。
手順ミスって全消し最初からやり直しのときに、先にeSIM設定していた分も消すと再発行からやり直しになって面倒ですよ。