マイネオで端末追加購入(機種変更)時のSIMの形状等について

①これは物理SIMカードで、サイズはいわゆるnanoサイズですかね？(もう4年前で、カードのサイズまで覚えてなくて…)

はいその通りです。

②この場合、マイネオの端末追加購入(機種変更)の申込画面で選ぶべきSIMの形状は、
SIMカード
eSIM
どちらにすべきでしょうか？SIMカードだとサイズが合わない、などあり得ますか？

SIMカードを選択する方が自然です。
最近のスマホはnanoサイズですのでサイズが合わない事はありません。

③どちらも番号を変えずに機種変更できるのであれば、②の選択肢それぞれにどんなメリットデメリットがあるのでしょうか。eSIMの場合の機種変更のイメージがわかないのですが、設定が物理SIMカードに比べて煩雑、などありますか？

あえてeSIMを選択するのであればSIMの変更手数料が440円発生します。
設定は知っている人なら簡単ですが初めてされる場合は少し戸惑うかもしれません。