SIMとeSIMの設定

> それともプロファイルは１台の端末に１つしか設定できないから、現状は副回線をインストールしていますが、１つの回線でしかインターネットはできないのでしょうか？
→そのとおりです。
iPhoneでは一つのAPN構成プロファイルしか設定できません。ご利用のSIMはどちらもモバイルデータ通信をするためにはAPN構成プロファイルを必要としますから、そうなります。
毎回、APN構成プロファイルを設定し直せば、切り替えてモバイルデータ通信が利用できることとなります。
同様な質問があった場合は、私はいつもこちらをご紹介してます。ご参考に。
https://king.mineo.jp/staff_blogs/1993