Appのバックグランド更新　ってなにしているのですか？

まずAppのバックグランド更新は、通常のiPhoneアプリでは用いる必要がありません。
基本的にOFFにして、具体的に困ることがあれば個別で設定ONにすると良いです。

バックグランド更新を用いる必要があるのは、常時ネットワークから情報を受け取る可能性があるアプリ(たとえば完全SIPベースのIP電話アプリやメッセージアプリ)やたとえば歩数計アプリなど常時起動をしていないと歩数が集計できないアプリ、つまりアプリの目的が達成できないアプリです。
そのうち、ネットワークから情報を受け取る必要があるアプリについては、アップルの場合、個別アプリがバックグラウントで動かなくても良くするため、Apple Push Notification Service(APNS)という、OS標準の待ち受けAPI(プッシュ機能)があります。SIPベースのIP電話アプリでも一部ではAPNSを用いるものもあります。
また、代表的なメッセージアプリはこちらの待ち受けAPI経由でメッセージを受け取ることが出来るはずです。

不要なアプリのバックグラウンド更新（動作）はバッテリーの持ちやメモリーの圧迫原因にもなりますので基本的に無効にすることをお勧めします。