iPhoneの設定にiPadが変更されました

先日、iPhoneを購入しました。

iPhoneにiTunesで音楽を入れてしばらく、同じアカウントで管理しているiPadにiPhoneで設定したアプリが入っていて、元からのアプリが消えてしまっていました。

iPhoneを買ってからiPadはiTunesには繋いでいません。

こんなことってあるのでしょうか。

iPadは家族が使用しているので、同期したくはありません。

一応ネットで調べて、iTunesの設定で「iPod、iPhone、およびiPadを自動的に同期しない」にチェックを入れました。

これで、以後は同期されることはなくなるでしょうか。

また、同期されてしまったiPadはひとつずつ元に戻していくしかないのでしょうか。

ご存じの方がいらっしゃいましたら、教えてください。
よろしくお願いします。