iphoneのストレージ容量

原因の一つは iOS 9 自身が使用しているサイズだと思います。

もう一つは、容量の計算方法が異なるからです。
「16GB」は10進法で、iPhone や iTunes で表示されるのは２進法(GiB)
https://support.apple.com/ja-jp/HT201402
https://ja.wikipedia.org/wiki/ギビバイト
16GB は、14.901GiBですので、約1GB少ないように見えます。

私の手元にある iPhone 5c (32GB) でも確認してみましたが、最大容量 27.17 GBと表示されます。約5GBがどっかいっちゃったかのごとくに見えています。

ちなみに、 iOS 10 にアップデートする際のダウンロードサイズは957MBです。ダウンロード時のサイズは圧縮された状態でのサイズでしょうから、アップデート作業時にはもっと多くの空き容量が必要なのではないかと思います。
（そのため、iTunesからアップデートした(PCにダウンロードした)方が余裕があります。）