SIMフリーiPhoneを何処で買う？

一番確実なのはApple Storeだと思います。配送料は無料なのでオンラインストアでも同じ価格です。
他の方もご指摘のようにExpansysという香港の業者が日本向けに発送してくれます。サイトも日本語表示で自分も何度も利用していますので会社自体は信用できると思いますが、海外サイトなので価格は税別表示で、実際に購入すると配送料と輸入消費税が別途かかります。（Fedexを指定したことがないのでその場合の消費税の支払いがどうなるかわかりませんが、ヤマトでの配送を指定した場合、同社サイトでの端末代金の支払いとは別に、配達受け取り時にドライバーへ輸入消費税を払うことになります。）
配送料はFedexかヤマトか選べますが、ヤマトで1400円くらい、Fedexで確か2000円くらいかかります。輸入消費税は税率がはっきりと明記されていませんが、今まで自分が購入した例では5%くらいかと思います。（代引きは500円くらい手数料が発生します）
詳しくは見ていませんが、今さっき価格を見た限りではiPhone6sの16GBなど比較すると税金・配送料を含めたらApple Storeの方が安そうですね。
Epansys取り扱いモデルは香港版になると思いますので最初の起動画面が中国語で表示されるかもしれません。もちろんそこから設定を変更すれば日本語表示は国内モデルと全く同じになると思います。
為替レートの兼ね合いで価格が動く可能性もありますし、在庫状況の兼ね合いもあります。一円でも安く購入したいのであればこまめにご希望のモデルで両者の在庫・価格を比較されればよろしいかと思います。
以前と違って今は日本のサイトで普通にSIMフリーモデルが購入できますので、そこまでのこだわりがないのならApple Storeでの購入をお勧めします。