auスマホ契約中にSIMロック解除

SIMロック解除とアプリのデータとは直接無関係です。

それに、auのホームページでSIMロック解除の手続を取っても、それはあくまでもauのサーバーに登録しただけであって、スマホ本体はまだSIMロック解除されていません。他社製SIMを差し込んで、SIMステータスの更新をして初めてSIMロックが解除されます。

これまでどおりauのSIMを使い続けている限りは、全く何の変化もありません。

なぜSIMロック解除するかというと、他の通信キャリアで使うためでしょう。それで、auストアで購入したアプリはauを解約したら使えなくなりますし、そのアプリにため込んであったデータも当然消えてなくなります。つまり、auのサーバーにデータが保存されているものはすべて利用できなくなります。そういう意味で、他のキャリアにMNPで移らせないためにそうやって警告しているのだと思います。