電話履歴について

iPhoneは詳しくないので、間違っていたらゴメンナサイ。

6Sと6S+を、iTunesで同じバックアップから復元してませんか？
もしくは、片方の端末のバックアップで、もう一方の端末を復元したとか。

以前、娘のiPhone5cでバックアップをとり、iPhone6Sに復元させた時、一時的に両方のLINEに同じ表示が並んだり(どちらからも投稿、既読表示できる)、通話記録が同一になったりした事があります。

関係なかったらゴメンナサイ。