auから変更して、その後SIMフリーのiphoneに変更してもSIMはそのまま使用できますか？

　現在、SHL25でmineoを利用中とのことでしたら、nanoシムですね。
　iphone7まではnanoシムでの利用が可能ですが、8以降はAプランだとVoLTEsimのみ対応です。ですので、購入予定のsimフリー機種がどれかによっても変わってきます。