iPhone7 auからマイネオへ

①SIMフリーにしなくてもaプランでの契約もできるがdプランの方が使いやすい（機能がいい）のでしょうか？？

iphone7 aプランとsimフリーdプランの機能面では、dプランはテザリングできますが現在のところaプランはできません。
それよりもmineoへお越しの際はスピードがauに比べて遅くなりますが、総じてdプランの方が早いと思われます。

②SIMフリーにする場合、先にSIMフリーにしてからMNP予約番号を取るべきですか？

基本的に他へ変わってからauにsimフリーにしてもらうのは気分的に嫌かな。180日経過しているかもう直ぐなら間違いなく、私ならsimフリーん先に行います。

③SIMフリーにするとAppleの保証は消えてしまいますか？もし画面が割れたりすると修理が高くなってしまいますか？

Apple care は、au 解約時解約となります。ガラス割れ等の保険については、私はNEST BBというところで保険に入っています。
http://www.next-bb.com/terminal/

④本体代が残っているのですが、SIMフリーにすることで支払い金額が高くなったりしないのでしょうか？

simフリーしてもまだau使用する場合料金が上がる事にはありません。注意事項も含めてお読みください。
https://www.au.com/support/service/mobile/procedure/simcard/unlock/

２年縛りがどの程度かわかりませんが、切替時期まじからなら待った方が良いと思います。mineoにお越しの際はかなり安くなると思います。また、工夫次第で料金を減らせる可能性があります。通話およびネット使用が少ない方は確実に大きく安くなります。