プレフィックス自動+手動付与で２重？

> マイネオの１０分かけ放題プランは、標準電話アプリで掛けても0088292を頭に付いた形で発信される。

これは違います。0088292が付与されるのはmineoでんわに契約し、mineoでんわアプリを使って発信した場合です。
ちなみに１０分かけ放題に契約したときや無制限かけ放題、または通話に関する契約をしない場合は、別のプレフィックス番号（何番かは公開されていなかったかと）が自動付与されますよ。