楽天モバイル通話料について

リンクアプリではなく、標準の電話アプリで電話したとしか考えられないと思います。
リンクアプリでかけたものは、標準の電話アプリには履歴が残らないので、履歴が残っているなら標準電話アプリでかけたと判断できますが、かけた履歴が残っていませんか？