深夜フリー間のデータ使用量は明細にカウントされるものですか？

この表を見ていただければ分かると思いますが、両方とも深夜フリーの適用があります。
広告フリーを設定していた場合、そのデータ通信量（広告フリーで削除されたデータ分）が通常のデータに反映されてしまうバグが生じています。実際は深夜フリーを達成していてmineoスイッチをOFFにされていれば、23時から翌朝7時まではカウントされていないのでご安心下さい。