楽天モバイルでiMessageが使用できない

iPhone e SIM対応機を持っていないので、あくまで想像です。
iMessage送受信で電話番号を使うためのアクティベートが、完了していないということではないかと思います。
紹介されているリンクからすると、楽天エリアなら問題がないように思われます。
まずは楽天エリアでiMessage用のアクティベートを完了させ、iMessage送受信できるようにしてみてください。
その後、パートナーエリアに出たとき、iMessageの送受信ができるのかできないのか確認してください。