Androidでmineo物理SIMとeSIMのデュアル運用

AndroidではAPNプロファイルという概念がないので
APN設定が手動も含め設定が出来れば複数eSIMを保存することが出来ます。

A・D・Sどのプランを選んでも大丈夫でしょうか？
極端な話　全てeSIMを保存し切替ながら比較試してみることは可能です。
全く支障はありません。

端末の対応バンドで回線を選んで頂くのが一番

現在povoのeSIMが入っているのですが、mineoのeSIMと同じau系は併用できないと思いますが、povoを削除せず一時的に無効にしておくだけで大丈夫でしょうか？

併用も出来ます。しかし、回線トラブル発生時にバックアップ回線にならないので他回線を選んでおくとメインで使ってる回線がトラブル発生時に切り替えて通信可能となります。