台湾で使うプリペイドSIMについて

iPhoneSEとありますが、SE1でしょうか？
それともSE2以降でしょうか？

SE2以降で、台湾用SIMをeSIMにして、mineo dプランと併用するのであれば、プロファイルはそのままで良いものが大多数だと思います。
台湾用SIMで、プロファイルのインストールが必要なものは知りません。

SE1（SE2,3でも）で、台湾用のものと差し替えるのであれば、mineoのプロファイルは削除するようにしてください。
日本に戻るときは、mineoアプリのメニューからプロファイルをインストールするようにすれば、通信環境がなくても（帰りの飛行機の中など）プロファイルをインストールできます。

先日台湾旅行に行ったときは、楽天とkkdayのどちらもeSIMを利用しました。

空港内で販売されていて、ここで購入すれば台湾の電話番号を利用することも可能なので、これも良いと思います。