契約者とは別に利用者を登録する意味は何でしょうか

全くの推測ですが、これじゃないでしょうか。
「青少年が安全に安心してインターネットを利用できる環境の整備等に関する法律」
https://ja.m.wikipedia.org/wiki/青少年が安全に安心してインターネットを利用できる環境の整備等に関する法律

去年、ドコモのスマホを契約した時に、量販店の店員さんに勧められたのですが、
｢０歳児の赤ちゃんでもいいから、子供を利用者として登録すると、学割が効くからお得ですよー。｣
｢ただし、未成年者が利用者の場合は、フィルタリングサービスを付ける事が義務付けられているので、フィルタリングしないで、ちゃんと保護者が監視するという文書にサインして下さい｣
と言われました。

これですね。
https://www.nttdocomo.co.jp/service/access_limit/

> 2009年4月1日より「青少年が安全に安心してインターネットを利用できる環境の整備等に関する法律」が施行されたことにともない、未成年の方がiモードを利用する場合、原則として「アクセス制限サービス」（フィルタリングサービス）をお申込みいただいております。

mineoでも、子供を利用者登録した時に、フィルタリングがどうのこうのという文章にチェックしたような記憶があります。
(うろ覚えです)

この法律の努力義務を守るために、利用者の年齢を登録させるのかなあと推測しています。

あとで、mineoの利用者登録画面でフィルタリングのチェックあったかどうか、再度確かめてみます。