家族割について

〉家族割を夫のマイページから妻の電話番号を入力して申込みました。
〉これで二人とも割り引かれるのでしょうか？

すでに各々eoID/回線を開通済みということですね。
それであれば、これで完了です。
mineoマイページのご契約内容照会でご確認ください。

家族割引お申し込み・変更
https://support.mineo.jp/setup/guide/family_change.html