コース変更は25日締めなのに広告フリーは24日締めはおかしいでしょ

そもそもなぜコース変更が25日までなのか。
なぜ広告フリーが1日早いのか。
なぜマイピタからマイそくへコース変更すると28日にパケット放題(Plus)が自動解約になるのか。

すべて理由があってこうなっていますが、答えられるのは中の人だけです。今まで答えが出てこないのですから、今更回答が出てくるとは思えませんが。

1ヵ月の日数は月によって違いがあるのですから、処理に掛かる日数で締めたいのであれば毎月締め日が変わるはずです。
もちろん毎月締め日が変わるよりは固定化されていた方が分かり易いというのもあるかもしれませんが、一番短い2月の28日ですべての処理が問題なく完了するよう決められていると考えると妥当かと思います。
つまり、バッチ処理が「月末日の3日前」といった指定不可で固定の日付指定である必要があるため、24日、25日、28日と決まったのでしょう。