iPhoneで、通話はmineo eSim、通信はIIJのSIMは可能？

＞二つ目の質問ですが、上述の(1)(2)のように二つのSIMがあるとき、＞SMSは、二つの電話番号の分を一つのメッセージアプリ（iPhone）＞で扱うことになるでしょうか？

はい、一つのメッセージアプリで扱います。

＞メッセージアプリはiPhoneに一つしかないですが、他の人にSMSを送るときは、(1)と(2)のどちらから送付されることになるでしょうか？

どちらから送るかを意識した事は無いですが
送信するときに選択するか、優先指定した回線から送るとものかと。
SMSをあまり送らないので少々不確かです。
調べて間違っていたら訂正します。