夜間フリーはパケットを消費して無視できるの？

確かに「深夜フリー適用時の通信速度について最大100Mbpsとなります」との記載はありますね。

でも、速度計測のためにわざわざゆずるね！をやめてまで夜間フリーの獲得をしないっていう選択肢は・・・

ま、もしどうしても早朝に速度計測をして、5Gでとんでもない数字を確認したいのであれば、プレミアム1dayパスを使用すれば可能ですよ。たぶん数個お持ちだと思います。
プレミアム1dayパスを使えば夜間フリーは無視されます。
ただし通信速度はプレミアム回線のものになりますけどね＾＾；