iPad miniの契約がもったいない

WiFiでしかご利用にならないのであれば、そのシングル回線は解約してもいいのではないでしょうか？
デュアルもシングルもDプランであれば、SIMが必要な時だけデュアルのを挿して使えばいいです。
SIMが必要になるのはアクティベートする時ぐらいですし、普段はSIM無しで機内モードONでWiFiをONで使えば問題ないです。

出張や旅行などで外で使う可能性もあるから契約は継続しておきたいという事であれば、一番安い500MBにしておくぐらいですかね。
但し、基本データ容量の変更は当月25日までで翌月1日に変わるので、出張や旅行などで使うであろう前月25日までに変更する必要がありますが。