iphone16pro使用中。nanoSIMを長く使っているので変えた方が良いのかと不安。

ずっとmineo、iPhone16のみという前提なら…
SIMカード継続、1択。

一般的なSIM寿命は越えていますが、問題なければ現状維持。
17（や18〜も？）のeSIM専用機にする時で遅くないです。
mineoにおける、eSIMが有利な状況が早く届く（SIM配送）以外ありせん。

SIM再発行でも長期利用者であればmineoコイン→クーポンで使用可能ですし、なるべく物理SIM維持を念頭に置くのがベターです。