iphone16pro使用中。nanoSIMを長く使っているので変えた方が良いのかと不安。

抜き差しとかあまりしておらず、正常に動作しているのであれば、そのままで大丈夫ですよ。
もし、耐久性や仕様に問題でもあれば、mineoの方から何かしらのアクションあろうかと思いますからそのままでどうぞ。
iPhoneをこれからも機種変してご利用ならいづれはeSIMですが、 mineoではeSIMの再発行に費用がかかったり、eSIMクイック転送に対応していなかったり、eSIMにするメリットは物理SIMがつかえているウチはあまり無いので、わざわざ変える意味がないですよ。